In 1858 was er een stadsmuziekmeester aangesteld J.C.H. Iburg, maar toen hij aankondigde dat hij naar Indië vertrok en het niet goed ging met de gezondheid van J.F. Heimel in 1867 ontstond er een probleem betreft het voortbestaan van de Muziekschool en het Stedelijk Orkest. Dankzij burgemeester De la Sabonière werden zowel het Stedelijk Orkest als de Muziekschool gereorganiseerd en zullen nu allebei onderdeel uitmaken van de Gemeente Kampen. In 1868 werd C. A. Bekker benoemd tot stadsmuziekmeester die sinds die tijd stadsmuziekdirecteur genoemd werd. A. J. Gaillard werd als kapelmeester of wel adjunct-directeur van de Muziekschool benoemd en werd ook dirigent van het Stedelijk Orkest. Vanaf 1895 werd hij ook directeur van de Muziekschool toen plotseling de opvolger van Iburg C. A. Bekker overleed.

In 1870 werd de Muziekschool opnieuw geopend en waren de dirigenten van het orkest tegelijkertijd de directeuren van de Stedelijke Muziekschool. De muzikanten uit het orkest werden opgeleid op deze school tot bekwame muzikanten. Doordat het Stedelijk Orkest was verbonden met de Stedelijke Muziekschool werd een fanfare veranderd in een echt professioneel harmonieorkest. Er werd een muziekcommissie opgericht om toezicht te houden op zowel de Muziekschool als het Stedelijk Orkest. Het bestuur was de Muziekcommissie die zich bezig hielden met aanschaffingen van uniformen, instrumenten en muziekteksten,ze beoordeelden welke leerlingen van de Muziekschool konden toetreden tot het Stedelijk Orkest, ze stelden reglementen en verordeningen op voor zowel het Stedelijk Orkest als voor de Stedelijke Muziekschool en ze hielden zich bezig met de financiën van het Stedelijk Orkest en de Stedelijke Muziekschool.

De opvolger van Gaillard was tevens weer de directeur van de Muziekschool. In 1903 verwierven ze zoveel faam dat muzikanten van het Stedelijk Orkest zonder audities zich konden aanmelden bij andere beroepsorkesten en leerlingen van de Muziekschool die zich wilden aanmelden voor het Stedelijk Orkest werden pas toegelaten na een strenge selectie.

In 1934 moesten zowel de Muziekschool als het Stedelijk Orkest zelfstandig verder en was de verbinding met de Muziekschool verdwenen ondanks dat de dirigent van het Stedelijk Orkest nog tot 1975 directeur van de Muziekschool werd genoemd. De gemeente vond een orkest onderhouden niet langer een taak van de Gemeente Kampen. Dit besluit ontstond door de slechte economische situatie van de jaren dertig en er waren ook steeds meer bezwaren van levensbeschouwelijke aard. Vooral werden er verhitte discussies gevoerd over waarom het Stedelijk Orkest verplicht elke zondag een concert moest geven en wel bij de ene feestelijkheid optrad en bij de andere niet.